Аральское море появилось, по данным абсолютного датирования с помощью радиоуглеродного метода, примерно 20—24 тыс. лет назад[4].
В историческую эпоху происходили существенные колебания уровня Аральского моря. Так, на отступившем дне были обнаружены остатки деревьев, росших на этом месте.
По некоторым оценкам, ранее Амударья по рукаву Узбой впадала в Каспийское море, а река Тургай — в Арал.[5][6][7]
В тюркских языках «арал» означает «остров, архипелаг»[8]., поэтому название водоема можно перевести как «Море островов», что напоминает о тысяче островов, которые усеивали его воды[источник не указан 19 дней]
В конце XVI и начале XVII веков из-за понижения уровня моря образовались острова Барсакельмес, Каскакулан, Козжетпес, Уялы, Бийиктау, Возрождения. Рукава Сырдарьи — Жанадарья и Куандарья — перестали впадать в Арал соответственно с 1819 и с 1823 годов.