[...] - главное, (...) - придаточное.
2. [Правая рука то поглаживала волосы], (которые пригладить было немыслимо), [то пробегала по клавишам машинки,точно по клавишам баяна или аккордеона, то перелистывали толстой блокнот]. - середина
3. [Разговор о синдроме приобретённого иммунодефицита имеет смысл начать с описания той системы организма], (которую он выводит из строя, то есть система иммунитета). - после
4. [Многочисленные эксперименты показали], (что в зависимости от характера излучения и вида ткани глубина проникновения лазерного луча в тело различна). - после
5. [Ещё Дарвин различал два вида изменчивости]: (определённую и неопределённую). - после
6. [Переулок, (где когда-то учились Володя и Ваня), трудно было узнать]. - середина
7. [Взгляд из космоса обладает "рентгеновскими" свойствами]: (отсюда как бы исчезают мелкие детали и проявляются глубинные разломы деформации). - после
8. (Как могли возникнуть дуговые связки между галактиками), [пока ещё не ясно]. - перед
9. [Работа гейзера начинается с того], (что трещины наполняются холодной водой). - после.