Длина реки — 231 км, площадь бассейна — 3220 км². Берёт начало на склонах горы Уруп (3232 м). В верховьях Уруп — горная река, у станицы Удобной выходит на равнину. Крупнейшие притоки — Большой Тегинь (впадает слева), Малый Тегинь и Джелтмес.
Питание смешанное, с преобладанием дождевого. Среднегодовой расход воды — 16,5 м³/сек. В некоторые годы река замерзает (с декабря по февраль).
В пределах Карачаево-Черкесии расположены посёлки городского типа Уруп и Медногорский, приуроченные к медному месторождению и горно-обогатительному комбинату, а также станица Преградная и аул Кызыл-Уруп. Далее река течёт по Краснодарскому краю, на её берегах расположены станицы и сёла: Передовая, Удобная, Отрадная, Попутная, Воскресенское, Гусаровское, Бесскорбная, Советская. «Оптимистические» названия предгорных станиц, первоначально населённых линейцами, по преданию, были придуманы в XIX веке для «поднятия духа» в обстановке Кавказской войны. Уруп впадает в Кубань близ города Армавира.
На реке Уруп в Гамовской балке близ станицы Преградной находится Треугольная пещера, которая судя по обожжённым костям животных и кремнёвым орудиям труда, была населена в эпоху мустье, а может быть, и ещё раньше — 600 тыс. лет назад.