Смысл поговорки такой: работа настолько идеальна, что в ней нельзя найти ни малейшего изъяна, куда бы комар мог просунуть свой тонкий нос.
Точить — это «изъесть» , «изгрызть». Слово «подточить» в отношении комара имело значение «покусать», что видно из старой русской песни: Мушки, блошки не кусают, не едят, комарики не подтачивают.