потому что это слово иностранного происхождения. А слово ВРАТАРЬ-русское от слова врата (ворота), ЗВОНАРЬ- от слова звон, ПАХАРЬ- от слова пахать. А СЕКРЕТАРЬ-от какого слова? Где корень?
или
Почему в словах вратарь, звонарь, пахарь суффикс АРЬ выделяется а в слове секретарь нет?
вратарь - от слова врат(а)
пахарь - от слова паха(ть)
звонарь - от слова (звон(ить)
слово секретарь не соотносится со словом секрет.