Скорость фотона равна не просто скорости света, а скорости света в вакууме. Когда свет распространяется в веществе, то фотоны на своём пути встречают препятствия в виде атомов, которые сначала получают удар фотоном по электрону, электрон поглощает фотон и переходит на орбиталь с более высокой энергией, потом электрон соскакивает обратно на своё место, при этом излучает фотон. И далее фотон полетел опять. Этот процесс в атоме создаёт задержку, поэтому, несмотря на то, что между атомами фотон летит со скоростью света в вакууме, но средняя скорость фотона в веществе из-за таких задержек получается ниже.
Думаю что так.