В ходе реформ 1860-х годов была расширена сеть народных училищ. Наряду с классическими гимназиями были созданы реальные гимназии (училища) в которых основной упор делался на преподавание математики и естественных наук. Университетский устав 1863 годадля высших учебных заведений вводил частичную автономию университетов — выборность ректоров и деканов и расширение прав профессорской корпорации. В 1869 году в Москве были открыты первые в России высшие женские курсы с общеобразовательной программой. В 1864 был утверждён новый Школьный устав, по которому в стране вводились гимназии и реальные училища.
Некоторые элементы реформы образования современники рассматривали как дискриминацию низших сословий. Как указывал историкН. А. Рожков, в реальных гимназиях, введенных для выходцев из низших и средних слоев общества, не обучали древним языкам (латинскому и греческому), в отличие от обычных гимназий, существовавших только для высших классов; но знание древних языков сделали обязательным при поступлении в вузы. Так, по мнению историка, для широкой массы населения был фактически закрыт доступ в вузы Аналогично П. А. Зайончковский называл гимназический устав 1872 года «реакционным законом в области просвещения»
В последние годы царствования Александра II были приняты решения (о введении полицейского контроля в вузах, о предоставлении духовенству преобладающего участия в заведовании народными школами, об ограничении принятия в вузы «лиц, материально не обеспеченных» и др.), которые, по словам П. А. Зайончковского, «перечеркивали буквально все, что было осуществлено в области народного просвещения с момента отмены крепостного права»