Представьте!
Вы берёте два сосуда и соеденяете. В одном сосуде вода холодная в другом горячая.
После как соеденили сосуды, установится общая температура.
Так и в данном случае, два конденсатора соеденили, в них может разные заряды. После их соеденения заряды смешиваются и соответственно сравниваются.