Советско-германский договор о ненападении от 23 августа 1939 года ( так называемый "Пакт Риббентроп-Молотов") предусматривал возвращение Бессарабии в состав СССР. Однако, Сталин некоторое время медлил с реализацией этого плана, поскольку Румыния имела военные гарантии Франции. Разгром Франции нацистами в мае-июне 1940 года вдохновил его на действия. 26 июня 1940 последовала нота румынскому послу в Москве относительно передачи Бессарабии, а также Северной Буковины Советскому Союзу. 28 июня 1940 года на территорию Бессарабии были введены части Красной Армии, после чего на её территории была образована Молдавская ССР.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 августа 1940 года была произведена национализация банков, промышленных и торговых предприятий, железнодорожного и водного транспорта и средств связи Бессарабии, другим Указом от того же числа восстановлена национализация земли. 8 марта 1941 года все жители Бессарабии, бывшие до 7 ноября 1917 г. подданными бывшей Российской империи и проживавшие на территории Бессарабии к 28 июня 1940 г. и их дети получили гражданство СССР.
Во время вторжения стран Оси в СССР, Бессарабия была оккупирована румынскими войсками в июле 1941 года и вновь присоединена к Румынии; в марте-августе 1944 года была вновь занята Красной Армией в ходе Уманско-Ботошанской и Ясско-Кишинёвской наступательных операций войсками 2-го и 3-го Украинских фронтов.