Юрий Крижанич родился в 1617 или 1618 году в местечке Обрх близ города Карловац, в семье небогатого землевладельца Гаспара Крижанича[3]. Лишившись отца в возрасте пятнадцати лет, Юрий стал готовиться к вступлению в духовное звание. Он учился сначала на родине, в Загребской католической семинарии, готовившей священников хорватской грекокатолической церкви. Потом — в Венской семинарии, а затем перешёл в Болонью, где занимался кроме богословских наук юридическими.
Был священником-миссионером, состоял на службе ватиканской конгрегации пропаганды веры. Много путешествовал по Европе (Вена, Варшава и др.).
Владея в совершенстве, кроме своего родного языка, немецким, латинским и итальянским, он в 1640 году поселился в Риме и поступил в греческий Коллегиум святого Афанасия, специально учреждённый Ватиканом для пропаганды унии среди последователей греческой веры. В 1642 году защитил докторскую диссертацию в Риме. В это время Крижанич был посвящён в сан загребского каноника. Изучил греческий язык, приобрёл большие познания в византийской литературе и стал горячим сторонником унии. Его целью было собрать все важнейшие сочинения «схизматиков», то есть православных богословов, писавших против догматов папизма. Плодом этого было несколько сочинений на латинском языке, а в особенности «Всеобщая библиотека схизматиков». Это предприятие повело его к ознакомлению с русским языком, так как ему нужно было знать и сочинения, писанные по-русски против унии. Оставив коллегиум, Юрий был привязан к Риму до 1656 года, состоя членом иллирского общества Св. Иеронима.
Посетил Константинополь, где ещё основательнее познакомился с греческой литературой.
Оказавшись в Вене в 1658 году, Крижанич встретился там с московским посланником Яковом Лихаревым. Русские послы набирали иноземцев, желавших поступить на царскую службу, обещая им царское жалованье, «какого у них и на уме нет». Крижанич явился к ним с предложением своей службы царю.
Прибыв в Москву в 1659, Крижанич не сумел найти общего языка с русскими властями. Его воззрения на единую, независимую от земных споров церковь Христову были неприемлемы как для защитников православия, так и для католиков. 20 января 1661 года Крижанича сослали в Тобольск. При этом, ему положили жалованье — семь рублей с полтиной в месяц. Крижанич пробыл в ссылке 16 лет, но не потерял присутствия духа и написал там самые замечательные свои сочинения. В 1664 году встречался с протопопом Аввакумом, следовавшим из ссылки[4].
После смерти царя Алексея Михайловича, 5 марта 1676 года Крижанич получил царское прощение и разрешение вернуться в Москву, а затем и выехать из России.
С 1676 жил в Польше, вступил в орден иезуитов. Погиб 12 сентября 1683 под Веной в битве с турками-османами, участвуя в военном походе Яна Собеского