Это происходит из-за того, что в человеческом организме широко представлен альтернативный сплайсинг, который позволяет получать с одного гена несколько белков.
Если повреждается один ген в ДНК митохондрий, то повреждаются все белки, которые он кодирует. В ДНК ядра, большинство генов не имеют интронов, потому альтернативный сплайсинг в ядре случается гораздо реже и потому белков на выходе с одного гена так же меньше.