Примерно так: все вещества состоят из отдельных частиц - молекул, которые беспорядочно (в той или иной степени) движутся и взаимодействую друг с другом. При подсчёте кинетической и потенциальной энергии используются характеристики тела как единого целого, так что энергия, связанная с молекулами, не учитывается. Однако на то, чтобы "заморозить" все входящие в состав тела частицы, т.е. почти остановить все молекулы, а также "растащить" все частицы вещества на далёкое расстояние, нужно затратить некоторую (вообще говоря, довольно большую) энергию. Как раз эту энергию и называют внутренней, т.к. она связана не с макроскопической структурой вещества, а с микроскопической, связанной с молекулами или атомами, входящими в его состав.