Озеро Балхаш делится проливом шириной в 3 км на две резко различающиеся части: Западная часть мелководная и имеет пресную воду, Восточная часть - глубокая и имеет большую солёность (от 3,5 до 6 г/л) .
В западную часть Балхаша впадает крупная река Или (80% всего притока воды) , в восточную - небольшие реки Каратал, Аксу, Лепсы, Аягуз и другие.