Закисленная и токсичная вода разрушает скелеты рыб и раковины моллюсков, а главное - снижает репродуктивные процессы. В свою очередь, это приводит к сокращению популяций наземных животных и птиц, связанных с водной биотой трофическими цепями (цепи питания). "Мертвая вода" усиливает дефицит пресной воды, обусловленный возрастающими масштабами хозяйственного и бытового использования и ее загрязнением.
Кислотные осадки оказывают вредное воздействие не только на отдельные
предмет или живые существа, но и на их совокупность. В природе и в
окружающей среде образовались сообщества растений и животных, между
которыми, как и между живыми и неживыми организмами, существует постоянный
обмен веществ. Эти сообщества, которые можно также называть экологической
системой, обычно состоят из четырех групп: неживые объекты, живые
организмы, потребители и разрушители.
Многообразно косвенное влияние: загрязнения выступают в роли пусковых механизмов биологических и биохимических процессов, ослабляющих растение, нарушающих его рост, повышающих чувствительность к климатическим изменениям, делающих его менее устойчивым к вредителям - грибам, бактериям, жукам и др. В то же время подкисление почвы азотокислыми дождями стимулирует развитие лесных вредителей. Кислотные дожди подобным образом действуют и на животных, однако систематических исследований здесь не проводилось, за исключением обитателей водных экосистем.