В один из весенних вечеров Рагин невзначай навещает палату № 6. Там он обвиняется Громовым в воровстве и втягивается в продолжительную беседу. Визиты доктора во флигель становятся ежедневными, разговоры с Громовым производят на Андрея Ефимыча глубокое впечатление. Они спорят. Доктор занимает позицию греческих стоиков и проповедует презрение к жизненным страданиям, а Громов мечтает покончить со страданиями, называет философию доктора ленью. По больничному корпусу разносится слух о посещениях доктором палаты № 6. В конце июня это становится известно доктору Хоботову, молодому врачу, очевидно желающему занять место Рагина на посту главного врача. В августе Андрей Ефимыч получает письмо от городского головы с просьбой явиться в управу по очень важному делу. Состоявшийся разговор становится комиссией на освидетельствование его умственных способностей.
В тот же день почтмейстер предлагает ему взять отпуск и отправиться в путешествие. Через неделю Рагину предлагают отдохнуть, то есть подать в отставку. Он принимает это равнодушно и едет с Михаилом Аверьянычем в Москву, затем в Петербург и, наконец в Варшаву. По дороге почтмейстер надоедает ему своими разговорами, жадностью, обжорством; он проигрывается в карты и, чтобы отдать долг, занимает 500 рублей у Рагина. После этого они возвращаются домой.
Дома ждут финансовые трудности и продолжение разговоров о сумасшествии Андрея Ефимыча. Однажды он не выдерживает и, вспылив, выгоняет из своей квартиры Хоботова и почтмейстера. Ему становится стыдно и досадно за своё поведение, утром доктор идет извиняться к почтмейстеру. Михаил Аверьяныч предлагает ему лечь в больницу. В тот же вечер к нему приходит Хоботов и просит совета. Два доктора заходят в палату № 6 якобы на консилиум, Хоботов выходит за стетоскопом и не возвращается. Через полчаса входит Никита с охапкой одежды. Рагин всё понимает. Сначала он пытается выйти из палаты, но Никита не пускает. Рагин и Громов устраивают бунт, Никита бьёт Андрея Ефимыча в лицо. Доктор осознаёт, что из палаты ему никогда не выйти. Это ввергает его в состояние безразличия, и на другой день он умирает от апоплексического удара. На похоронах присутствуют только Михаил Аверьяныч и Дарьюшка.