Происходит от праслав. , от кот. в числе прочего произошли: др.-русск.сквозѣ «сквозь, внутрь», ст.-слав. сквозѣ (др.-греч. διά), сквожьнІА (ὀπή), словенск. skọ̑z, skọ̑zi «сквозь, через, всегда», skọ̑znja «дыра». Вероятно, связано чередованием гласных со скважина