Проводник - это просто программа работы с файлами. А файловой системой упраляют драйвера. И не только FAT управляется проводником. Можно даже с виртуальным устройством работать через проводник если есть драйвер и он реализует необходимые функции.
А в ликсе тоже есть файловые менеджеры ровно как и в виндовс коммандная строка