Можно либо сделать в дне каждой бутылки дырку, в которую плотно вставить резиновую трубку (чтобы вода не проливалась), либо просто вложить в бутылки концы трубки. В любом случае, надо следить, чтобы в любой момент времени трубка была полностью заполнена водой.
Вода в обеих бутылках по закону сообщающихся сосудов будет на одном уровне. Бутылки следует разметить, отмеряя высоту от уровня дна бутылок. При измерениях можно поставить обе бутылки на то, горизонтальность чего надо проверить. Если поверхности горизонтальны, то уровни воды в каждой бутылке будут одинаковы.