Какая-то часть воды озер теряется на подземный сток, т. е. озера пополняют запасы подземных вод. Но сколько воды при этом расходуется, судить трудно. Все зависит от горных пород, слагающих озерные котловины. На озере Севан до понижения его уровня величина просачивания воды через озерную котловину превышала годовой сток реки Раздан. А он составляет 50 млн. м3. Чем можно объяснить большую утечку воды из Севана? Дело в том, что склоны котловины сложены рыхлыми вулканическими породами — пористыми туфами и лавами, легко пропускающими воду.
Подземный сток особенно заметен у карстовых озер. Вода из них нередко уходит в подземные полости, и озера даже временно осушаются. Примером могут служить карстовые озера на западе Вологодской области, о которых уже ранее упоминалось.
По водному балансу озера делятся на сточные, бессточные и озера с перемежающимся стоком. Бессточные озера не имеют ни поверхностного, ни подземного стока и практически теряют воду только на испарение. Они существуют за счет впадающих в них рек. Если сток рек больше испарения, озера живут, если меньше — они пересыхают.
Бессточные озера получили распространение в засушливых степных и пустынных зонах умеренного и тропического поясов Земли. Это многочисленные равнинные озера Средней Азии, Южной Сибири, большинство озер Центральной Азии, озера североамериканских, африканских и австралийских пустынь. Небольшие бессточные озера встречаются и в других природных зонах, в горах и кратерах вулканов. Сточные озера имеют поверхностный и подземный сток. Образуются они в условиях избыточного увлажнения, где осадков выпадает больше, чем их испаряется. Они характерны для тундры, лесов умеренного и экваториального поясов. В тех случаях, когда через озера протекают реки, их называют проточными. В таких озерах даже возникают течения, вызванные рекой. Особенно это заметно у озер, вытянутых в длину. В проточных озерах быстрее происходит обмен воды.
Сточные озера получили распространение в областях последнего материкового оледенения. К числу сточных озер относятся такие крупнейшие озера, как Большое Невольничье, Большое Медвежье, Атабаска, Виннипег, Онтарио в Северной Америке, Онежское, Псковско-Чудское, Ильмень, Женевское в Европе. Весьма многочисленны сточные озера на территории Швеции, Норвегии, Финляндии. В нашей стране на Кольском полуострове, в Карелии, в северо-западных областях России озера и реки зачастую образуют единые озерно-речные системы. Наглядным примером является река Ковда, одна из крупных рек Карелии. Она протекает через Топозеро, Пяозеро, Кундозеро, Соколозеро, Сушозеро, Ковдозеро.
Промежуточное положение между бессточными и сточными озерами занимают озера с перемежающимся стоком. Они дают сток только в период высоких вод, в межень вытекающие из них речки не пересыхают. Такие озера встречаются в лесостепной, степной, полупустынной зонах.