Крокодилы обладают четырёхкамерным сердцем (как и млекопитающие) . Правый и левый желудочки разделены между собой перегородкой. Таким образом, кровь крокодилов разделена на венозную и артериальную) и дыхательной систем, позволяет считать их наиболее высокоорганизованными из всех ныне живущих пресмыкающихся.
По развитию головного мозга крокодилы стоят выше других пресмыкающихся: большие полушария головного мозга имеют кору. Из органов чувств у крокодилов наиболее развиты зрение и слух. На поверхности челюстей крокодила расположены многочисленные нейромасты— рецепторы давления, которые позволяют ему чувствовать вибрацию, исходящую от животных, находящихся в воде на большом расстоянии