При аллопатрическом видообразовании новые виды могут возникать из популяций, занимающих разные географические ареалы. В результате длительного разобщения популяций между ними иногда возникает генетическая изоляция, сохраняющаяся и после прекращения изоляции. Примером служат три подвида большой синицы.
При симпатрическом видообразовании новый вид зарождается в пределах одной популяции материнского вида при возникновении биологической (экологической) изоляции. Главными механизмами становятся мутации, хромосомные перестройки, полиплоидизация, гибридизация, приводящие к генетической изоляции между родственными популяциями и формированию новых видов. Примерами могут служить яровые и озимые виды растений, весенние, летние и осенние виды грибов, разные сроки нереста у рыб и отдаленные гибриды (рябинокизильник)