(на) верхнюю палубу - согласование; вышли на палубу - управление; (на) палубу корабля - управление; отчалившего корабля - согласование; только что отчалившего - примыкание; отчалившего от берега - управление;
тотчас увидели - примыкание; вдали полыхал - примыкание.