Опричнина не была антибоярской политикой. Среди опричников было много представителей аристократических родов. К тому же, на одного казенного боярина приходилось 3-4 рядовых землевладельца, а на одного представителя привилегированных служилых землевладельцев — десяток лиц из низших слоев.
Разорение и террор, сопровождавшие опричнину, в сочетании с последствиями неудачной Ливонской войны 1558-1583 гг. и эпидемией чумы начала 70-х гг. XVI века привели к глубокому экономическому кризису. Казалось, страна пережила вражеское нашествие. Необработанными оставались более половины земель.
Разруха ускорила закрепощение крестьян. Опричнина способствовала утверждению наиболее жестких форм крепостничества. Становление в результате опричного террора деспотического режима отразилось и на положении дворянства. При Иване Грозном, как писал В.Б. Кобрин, «завершилось превращение русских дворян в холопов самодержавия». Рабская психология, от которой с тех пор не были свободны даже представители правящей элиты, превратилась в долговременный и трагический фактор русской истории.
Экономическая разруха, закрепощение крестьян, да и противоречия в среде господствующего сословия, оставшиеся от опричнины, довели до крайности социальное напряжение. Еще более усугубил обстановку династический кризис конца XVI века. Все эти факторы вызвали к жизни самый глубокий и всеобъемлющий кризис российского общества, названный Смутой, или Смутным временем.