Строение спирогиры можно рассмотреть под микроскопом. Клетки спирогиры крупные. Цитоплазма в них расположена вдоль оболочки. Середина каждой клетки занята вакуолей с клеточным соком. В цитоплазме находится хроматофор в виде зеленой спиральной ленты. В центре клетки — округлое ядро, словно подвешенное на нитях, отходящих от цитоплазмы. Поэтому кажется, что ядро имеет звездчатую форму.