Расположение цветов, по неофициальным данным, тоже несло в себе символизм. По одной из версий, малиновая полоса в центре («ствол») символизировала «центральное», государствообразующее население Кубани — казаков-черноморцев (либо всех казаков Кубани), зелёная снизу («корень») символизировала «изначальное», автохтонное население Кубани — адыгов, синяя сверху («ветви») символизировала «позднейшее» (полярное «изначальному») остальное население Кубани, формировавшееся на «корневой» и «стволовой» базе. Всё вместе являлось единым целым — «народом Кубани», образующим кубанское государство.
Цвета и облик флага Кубанской народной республики использованы во флаге современного Краснодарского края