Фамилия Сескутов, вероятно, образована от прозвища Сескут. Оно, в свою очередь, восходит к древнетюркскому слову «сеске», которое переводится на русский язык как «опасный». Таким образом, можно предположить, что основателю рода дали это прозвище, исходя из особенностей его характера. Скорее всего, он был достаточно жестким человеком, который вызывал у всех опасение.
Согласно другой версии, фамилия Сескутов восходит к имени Сескут, которое образовано от слова «сеске». В таком случае можно предположить, что родители, нарекая своего ребенка этим именем, желали ему стать настоящим мужчиной, не боящимся опасностей и внушающим страх противникам. Сескут, со временем получил фамилию Сескутов.