Основу корневой системы составляют толстые скелетные корни, отходящие от корневой шейки. Они разветвляются, давая начало корням второго порядка, от них отходят корни третьего порядка и т. д. Чем дальше ветвление корней, тем они короче и тоньше.Основная часть корней яблони располагается в наиболее плодородном и рыхлом почвенном слое на глубине 20—80 см.
Скорее всего мочковатая.