Латиноамериканские страны достаточно молодые, поэтому охраняемые территории начали создавать позже, чем на большинстве других континентов. Кроме того, экономическое развитие большинства стран не слишком-то высокое, а настоящее экономическое развитие началось только в 20 веке. Те территории, которые экономически достаточно развиты (Аргентинская пампа, Бразильское плоскогорье, горнодобывающие районы Чили), сильно загрязены и изменены человеком, и охранять там попросту почти нечего.
А вот те районы, в которых есть что охранять, и находящиеся в достаточно развитых странах, как раз активно охраняются.
Например, первый Национальный парк Латинской Америки был создан в 1926 году в Чили, называется "Висенте Перес Росалес". Кстати, около 20% территории Чили охраняется. Большинство охраняемых территорий находится в горных районах относительно развитых стран - Чили и Аргентины, а также на юге материка, который меньше затронут антропогенным влиянием (примеры - Торрес-дель-Пайне, Бернардо ОХиггинс в Чили, Науэль-Уапи и Лос Гласьярес в Аргентине). Много охраняемых территорий в экваториальных районах Бразилии, Перу и Эквадора.