Сперанский заслужил полное доверие этого сановника, вовлекшего его в масонство, так что когда по воцарении имп. Павла I Куракин был назначен генерал-прокурором Сената, он склонил Сперанского перейти туда на службу и быстро повысил его до чина коллежского советника и должности экспедитора. Куракин, однако, недолго продержался на своем посту. На его место был назначен кн. П. В. Лопухин, затем — А. А. Беклешов и, наконец, последнего сменил Обольянинов. Быстрое возвышение и падение было уделом сановников в то время, но эти трагедии не коснулись Сперанского, — все четыре генерал-прокурора одинаково высоко ценили его способности и труды. Одновременно Сперанский являлся секретарем комиссии по снабжению столицы продовольствием, где председателем был наследник престола вел. кн. Александр Павлович, который здесь познакомился со своим будущим сановником. 12 марта 1801 вступил на престол Александр I, а уже 19 марта вышло высочайшее повеление: «Быть при Нашем тайном советнике Трощинском у направления дел, на него по доверенности Нашей возложенных, статскому советнику Сперанскому со званием Нашего статс-секретаря» . Осуществление реформаторских намерений Александра и было в это время возложено на Д. П. Трощинского, так что Сперанский оказался в эпицентре этих планов, сначала в роли исполнителя и редактора. Сперанский участвовал в составлении целого ряда указов, имевших целью избавиться от негативных сторон предыдущего царствования. К ним относятся восстановление Жалованной грамоты дворянству и Жалованной грамоты городам; отмена телесного наказания священников и дьяконов; ликвидация тайной экспедиции; дозволение ввоза из-за границы книг и нот; восстановление права открывать частные типографии; многочисленные помилования и мн. др. В 1802 в только что образованном Государственном Совете Сперанский был назначен начальником экспедиции гражданских и духовных дел и, после образования министерств, по желанию нового министра внутренних дел масона гр. В. П. Кочубея Сперанский получил должность правителя канцелярии министерства. С 1802 по 1807 пробыл Кочубей министром, и в сотрудничестве со Сперанским был осуществлен ряд нововведений в либерально-масонском духе, в т. ч. указ о свободных хлебопашцах, сравнительно более либеральное положение о евреях, разрешение вольного соляного промысла, преобразование медицинского и почтового дела и мн. др. Нередко Сперанский докладывал об этих делах лично Александру, который принял решение поручить ему составление проекта обширного круга реформ, которыми император желал обновить весь строй русской государственной и общественной жизни. С этой целью в 1807 Сперанский был отчислен из Министерства внутренних дел и получил звание статс-секретаря при особе государя. В 1808 Сперанский сопровождал Александра в Эрфурт на встречу с Наполеоном и в том же году представил свой проект на усмотрение императора. В основу реформы было положено строгое разделение власти на законодательную, административную власть и судебную власть и не менее строгое проведение принципа разделения властей на местные и центральные. Эти вертикальные и горизонтальные деления всего государственного механизма создавали систему, начинавшуюся в волостных учреждениях, продолжавшуюся в уездных и губернских и заканчивающуюся высшими правительственными учреждениями империи. Волостное управление также делилось на органы законодательства, администрации и суда, как и управление уездное, губернское и государственное. Децентрализация законодательства, суда и администрации давала самой центральной власти возможность управлять важнейшими государственными делами, не отвлекаясь на местные вопросы и нужды. Александр I одобрил проект Сперанского, но осуществил лишь его небольшую часть, касавшуюся новых государственных учреждений.