Загрязнение воды - основная причина. Вторая - передобыча водных ресурсов.
Например, в Беларуси Калинковичский район стал вододефицитным как раз из-за излишнего использования ресурсов. Но, конечно, свою роль сыграло и загрязнение.
А в Минске, к примеру, причиной недостатка водных ресурсов питьевого качества стало именно загрязнение воды реки Свислочь и водохранилищ города. Все питьевые водозаборы из города вынесли за его пределы или перевели на подземные воды.