Using System;
static void Main()
{
int[] sourceArray = new int[] {3, 1, -4, -4, 65}; //Исходный массив
int[] newArray = new int[sourceArray.Length * 2]; //Новый массив с максимальной нужной длиной
int newArrayIndex = 0; //Индекс для нового массива
for (int i = 0; i < sourceArray.Length; i++)
{
newArray[newArrayIndex++] = sourceArray[i];
if (i == sourceArray.Length - 1 || sourceArray[i] != sourceArray[i + 1])
newArray[newArrayIndex++] = 0;
}
for (int i = 0; i < newArrayIndex; i++) //Выводим новый массив на экран
Console.Write(newArray[i] + " ");
Console.ReadKey();
}