When my father came home, I was having dinner.
Past Continuous употребляется
когда два действия происходят одновременно в прошлом (я писала письмо, а мой папа смотрел телевизор)
когда одно действие было прервано другим (он смотрел телевизор, когда зазвонил телефон, или как в вашем случае - когда пришел папа, я ужинал)
Past Perfect употребляется, когда одно действие произошло раньше другого (когда мы приехали на вокзал, поезд уже ушел - "поезд ушел" - Past Perfect, "мы приехали" - Past Simple