Водоросли, как правило, относятся к группе автотрофных организмов, и только некоторые из них являются сапрофитами и паразитами. и содержат зелёный пигмент хлорофилл. У них есть хлоропласты . В них содержится зеленый пигмент хлорофилл, существующий в нескольких формах.
Кроме хлорофилла, водоросли содержат и другие пигменты, которые часто своим присутствием маскируют зеленую окраску водорослей. Наиболее характерными и часто встречающимися пигментами водорослей, кроме хлорофилла (зеленый), каротина (желто-оранжевый) и ксантофилла (желтый), являются фикоциан, фико-эритрин и фукоксантин. Пигмент фикоциан, растворимый в воде, окрашивает водоросли в синий цвет (сине-зеленые водоросли); фикоэритрин, тоже растворимый в воде, придает красную окраску (красные водоросли); фукоксантин обусловливает бурую окраску (бурые водоросли). Водоросли выделяют в окружающую среду свободный кислород