Через три дня новым царем "выкликнули" с Лобного места на Красной площади родовитого боярина Василия Ивановича Шуйского, организатора заговора. Формально власть перешла в руки Боярской думы, но ее власть была эфемерной.
Внутриполитическое положение страны продолжало ухудшаться. Страну будоражили слухи о спасении "царевича Дмитрия". На юге началось массовое восстание, центром которого стал город Путивль.
Восстание И. Болотникова. Восставшие казаки, крестьяне и посадские люди избрали в Путивле "большим воеводой" прибывшего к ним с отрядом запорожцев Ивана Исаевича Болотникова, бывшего военного слугу князя А. А. Телятевского с Черниговщины.
Летом 1606 г. Болотников во главе 10-тысячного войска восставших начал поход на Москву. Были взяты крепости Кромы и Елец, под которыми полки Василия Шуйского потерпели поражение. К октябрю 1606 г. к Болотникову присоединились крупные отряды служилых дворян стрелецкого сотника И. Пашкова и рязанского воеводы П. Ляпунова, а также дворянина Г. Сумбулова, выступивших против боярского царя. Помощь восставшим оказал и путивльский воевода князь Г. Шаховской.
Несмотря на значительные силы, повстанческие отряды не смогли овладеть столицей. В сражении под селом Коломенским 2 декабря 1606 г. царские войска разбили восставших, чему способствовал переход на сторону царя Василия дворянских отрядов. После этого повстанческим отрядам пришлось отступить и в декабре
1606 г. укрепиться в Калуге. В мае 1607 г. Болотников отошел в Тулу, где и сел в осаду. На разгром осажденных повстанцев 21 мая выступили спешно собранные правительственные войска во главе с царем Василием.
Осаждавшие устроили запруду на реке Упе и затопили город. Только после этого повстанцы сдались (в октябре
1607 г.) . При этом Василий Шуйский обещал сохранить жизнь всем сдавшимся в плен. Однако боярское правительство не сдержало своего обещания - над участниками крестьянско-дворянской "смуты" была учинена жестокая расправа. Сам же Иван Болотников был сослан в далекий Каргополь, где вскоре был втайне ослеплен и утоплен.