Название реки происходит с эвенского языка тунгусо-маньчжурской группы «Елю-Енэ», что значит «большая река». Первооткрыватель реки землепроходец Пянда в 1619—1623 зафиксировал её название в форме Елюенэ, которое в русском употреблении закрепилось как Лена.