В жаркий день два литератора прогуливаются на Патриарших прудах. Разговор идет о Христе, причем в самом атеистическом ключе (действие происходит в тридцатые годы XX века) . Когда литераторы садятся на скамейку, к ним подсаживается незнакомец, представившийся профессором Воландом. Воланд рассказывает свою версию событий, произошедших у Понтия Пилата, а в довершение всего предрекает скорую гибель одному из литераторов —- Михаилу Берлиозу. Так и случается: через несколько минут Берлиоз попадает под трамвай, ему отрезает голову. Второй литератор —- поэт Бездомный —- на глазах у которого все это происходит, бросается в погоню за удаляющимся профессором. Погоня оканчивается в сумасшедшем доме, куда Бездомный наконец и попадает, исполнив таким образом еще одно предсказание незнакомца.
Воланд и его свита (Коровьев, кот Бегемот, Азазелло, Гелла) поселяются в опустевшей квартире Берлиоза, затем дают сеанс черной магии в театре "Варьете", начавшийся карточными фокусами и закончившийся беганьем голых девиц по предрассветной Москве, а это время Бездомный в сумасшедшем доме знакомится с соседом по палате —- Мастером. Мастер говорит Бездомному, что Воланд —- не кто иной, как сам Сатана, и рассказывает свою историю. История Мастера оказалась тоже связана с Понтием Пилатом, а именно, Мастер написал о Пилате роман, и роман этот, а вместе с ним и самого Мастера затравила советская критика, после чего Мастер в тяжелом расстройстве сжег свой роман и ночью ушел из дома, исчезнув для всех, кто его знал.
Маргарита, возлюбленная Мастера, мечтает только об одном —- найти и вернуть Мастера. С ней знакомится Азазелло, который дает ей надежду на исполнение ее мечты в том случае, если она согласится исполнить для Воланда одну услугу. Маргарита тут же соглашается. Тем же вечером Маргарита натирается чудесным кремом, который ей дал Азазелло, седлает половую щетку и вылетает в окно. Полет Маргариты по ночной Москве сопровождается большими и малыми разрушениями, а больше всего пострадала квартира критика Латунского —- главного гонителя Мастера. Маргарита знакомится с Воландом и со всей его свитой. Воланд просит ее стать королевой бала, который дает он в эту ночь.
Другая линия романа, развивающая параллельно основной, это история Понтия Пилата, который не решился выступить против Синедриона и спасти осужденного на казнь Иешуа Га Ноцри (так в романе зовут Иисуса Христа) . В конце романа обе линии пересекаются: Мастер освобождает героя своего романа, и Понтий Пилат, после смерти столько времени томившийся на каменной плите со своим преданным псом Бангой и так хотевший говорить с Иешуа, наконец обретает покой и отправляется в бесконечное путешествие по потоку лунного света вместе с ним. Покой в загробном мире обретают и Мастер с Маргаритой.