Тема романа - непонимание двух разных поколений друг другом. Однако основная мысль сосредоточена в более глубоком вопросе, и это - конфликт Базарова с самой природой и мироустройством. Базаров , главный герой романа, проникнут духом отрицания, и вместе с порядками и условностями старшего поколения низвергает и такие вечные ценности , как искусство, любовь; низводит значение природы до материала, предназначенного для нужд человека ("Природа не храм, а мастерская, и человек в ней работник"). Однако как раз то, что истово отрицал молодой нигилист, настигает его (Базаров влюбляется в Одинцову), а в конечном счете побеждает - делая вскрытие, Базаров заражается тифом и умирает, и будто сама природа тем самым наказывает его за попытку так вероломно проникнуть в ее тайны.