Пустынна (местность какова?) - это краткое прилагательное, значит окончание А. По лексическому значению "пустынно" - пусто, а не пустыня, значит корень ПУСТ, суффикс ЫН образует однокоренное слово "пустыня", а другой суффикс в этом слове Н образует само прилагательное. Итак, пуст-ын-н-о!