Читать в массив, сортировать, писать первый элемент в выходной файл, потом проходить по остальным элементам и писать в файл, если очередной элемент не совпадает с предшествующим. Неприятно, что надо заранее ограничиться размером массива, не зная количества записей во входном файле.