1. Sam had eaten all apples before Bob came home.
Сэм съел все яблоки, до того как Боб вернулся домой.
2. He had studied French before he entered the institute.
Он учил французский ещё до того, как поступил в университет.
3. When the children came home, mother had already cooked lunch.
Когда дети пришли домой, мама уже приготовила обед.
4. Nick showed his friend the book which he had bought.
Ник показал другу книгу, которую купил.
5. The teacher understood that Bob hadn't learned the information.
Учитель понял, что Боб не выучил информацию.
То есть Past Perfect нужен для того, чтобы указать на действие в прошедшем времени, которое произошло до другого прошедшего времени.
Например, "Nick showed his friend the book which he had bought" (п. 4).
Ник показал (прошедшее время) своему другу книгу, которую купил ещё когда-то, до того как он показал её другу (прошедшее время до другого действия в прошедшем времени (то есть когда он показал книгу другу)).