Окраска пластид зависит от красящих пигментов, которые в них находятся. Зеленый цвет хлоропластов обуславливается наличием хлорофилла. Красные, желтые, оранжевые хромопласты окрашиваются благодаря пигментам каротиноидам. А лейкопласты не имеют окраски, так как они не подвергаются воздействию солнечного света и в них не образуется хлорофилл.