Наукові дослідження А. М. Окснер вів в таких напрямах:
флористика (наука про різноманітність рослинного світу, особливості розподілу рослин за географічними, кліматичними та екологічними факторами),
систематика лишайників,
філогенія лишайників (наука про походження та генетичні зв'язки біологічних груп, про їх спорідненість та подібність),
ботанічна географія,
фітоценологія (наука про рослинні угруповання, їх класифікацію та поширення на земній кулі).