Конечно же, [й’] к корню не относится. Это формообразующий суффикс. Вместе с окончанием он образовал форму множественного числа, поэтому состав слова таков:
дерев – корень,
[й’] – формообразующий суффикс,
[а] – окончание.
Формообразующий суффикс и окончание заключены в букве Я [й’а] . Формообразующий суффикс [й’] принимает участие в образовании форм множественного числа у многих слов в русском языке, например:
кол – колья;
лист – листья;
дно – донья;
перо – перья;
ком – комья и пр.
А в начальных классах подобные слова для разбора давать не полагается – переучивать потом труднее, чем научить. Если же учитель начальной школы подобные задания предлагает, он совершает настоящее преступление, диверсию, хотя чаще всего это происходит от элементарного незнания: он сам понятия не имеет о формообразующем суффиксе в подобных словах, что, кстати, вовсе не умаляет, а наоборот, усугубляет его вину.