Ожно трактовать и в прямом смысле - полынь (хоть и сорное, и ядовитое растение) получает питательные вещества из земли с помощью корня. И если обрубить корень - растение лишается питания и жизни.
Но раз поговорка - значит философский смысл. Всё живое (включая и растения, и людей) не может существовать без своих корней. Для человека - это семья, место где он родился (Родина).
)))))