В заповеднике отмечены 21 вид млекопитающих (не считая заплывающих в акваторию Арктического участка некоторых ластоногих и китообразных), 110 видов птиц, для 74 из которых доказано гнездование, в реках и озерах водится свыше 15 видов рыб.Животный мир горных ландшафтов довольно беден. Зимующих видов мало: лемминги, полярная сова, изредка в горах зимой держатся северные олени, песцы, овцебыки. Летом в горах многочисленны пуночка и каменка, а хрустан и песочник - красношейка встречаются только здесь. Камнешарка в горах гораздо более обычна, чем на равнине, где она отмечена только в прилегающих к горам тундрах. Серебристая чайка в горах резко меняет гнездовые стации и селится колониями на неприступных останцах скал, причем преимущественно известняковых. Из хищных птиц обычны мохноногий канюк (зимняк) и сапсан, устраивающие гнезда на труднодоступных уступах скал. Встречается кречет.В горах много зайцев, в каменных развалах нижнего пояса селится горностай, встречается росомаха. Численность леммингов в горах ниже, чем на равнине. Более обычен копытный лемминг, следы жизнедеятельности которого можно встретить довольно высоко; сибирский лемминг предпочитает селиться на болотах и лугах котловин. Численность песца в горах гораздо ниже, чем на равнине – это связано с отсутствием удобных мест для норения. Песцовые норы обычны лишь в межгорных котловинах, особенно на супесчано-щебнистых древних морских террасах. Вообще, в котловинах животный мир богаче, чем в самих горах; иногда здесь попадаются настоящие оазисы жизни. Долины горных рек представляют собой естественные миграционные коридоры для диких северных оленей; в восточной части заповедника (“Бикада”) в межгорных котловинах в летнее время встречаются большие группы овцебыков, а на западе можно встретить одиночных самцов. Зайцы встречаются в котловинах повсюду, особенно - по широким долинам ручьев с ивняками и лугами. Имеются неподтвержденные сведения о заходе в долину р. Фадьюкуда бурого медведя.