На территории нынешнего Бахчисарая издавна существовало несколько поселений. К моменту образования города в первой половине XVI века среди них было три основных: город-крепость Кырк-Ер на горном мысу (ныне известен как Чуфут-Кале), селение Салачик в ущелье у подножия Кырк-Ера и селение Эски-Юрт при выходе из долины. В Салачике и Кырк-Ере со времен Золотой Орды существовали административные центры. На рубеже XV и XVI веков хан Менгли I Герай развернул в Салачике городское строительство, планируя превратить его в крупный столичный центр. Статус столицы Крымского ханства селение Салачик сохраняло до 1532 года, когда сын Менгли Герая, Сахиб I Герай, основал новую ханскую резиденцию в двух километрах от Салачика, назвав ее Бахчисараем. Впоследствии вокруг новой ханской резиденции разросся столичный город.
Вид на старую часть Бахчисарая
В середине XVII века Бахчисарай состоял из 2000 домов, примерно треть из которых принадлежала грекам. В 1736 году город был полностью сожжён российской армией под командованием Христофора Миниха. Сохранившиеся до сегодняшнего дня постройки ханского дворца были сооружены в ходе восстановления города в 1740-е — 1750-е годы. В 1794 году (через 11 лет после вхождения Крыма в состав Российской империи) в Бахчисарае было 5 мельниц, 20 пекарен, 13 кожевенных мастерских, 6 кузниц, портняжные, башмачные и оружейные мастерские, 2 винных ряда (грузинский и молдавский) в том месте, где позже был построен летний кинотеатр «Родина», многочисленные торговые дома и лавки, 17 караван-сараев для приезжих.
В годы Крымской войны Бахчисарай оказался в центре военных событий — неподалёку от города на реке Альме произошло первое сражение, в котором русские войска под командованием А.С. Меншикова потерпели поражение. Во время обороны Севастополя, город принимал обозы с провиантом, снаряжением и ранеными — Ханский дворец и Успенский монастырь превратились в госпитали[6].
Улочка старого Бахчисарая. Слева виден традиционный двухэтажный дом, у которого второй этаж выступает над первым.
На протяжении XIX — начала XX веков город был центром культурной и общественной жизни крымских татар. Вплоть до депортации крымских татар 18 мая 1944 года Бахчисарай был одним из трёх (наряду с Карасубазаром и Алуштой) городов Крыма, в которых преобладало крымскотатарское население.