Первыми шагами Екатерины в области внутренней администрации после подавления пугачевского восстания явились ликвидация в 1775 году казачьего самоуправления на Дону и упразднение Запорожской Сечи. Запорожские казаки вскоре были переселены с Украины на Кубань, тогдашнюю российскую окраину. Яицких казаков, принявших активное участие в восстании, переименовали в уральских и установили над ними полицейский надзор. На Дону правительство ввело особое гражданское управление, подчиненное Петербургу. В Башкирии, также охваченной пугачевским бунтом, правительство создало вспомогательное войско из местных феодалов, что усилило социальную рознь внутри башкирского народа.
В целях усиления административного контроля над населением обширной страны Екатерина II провела реформу местного управления. 7 ноября 1775 г. было издано «Учреждение для управления губерний Российской империи» . Вместо прежнего трехчленного административного деления (губерния, провинция, уезд) вводилось двухчленное (губерния, уезд) . Вместо прежних 23 губерний Россия разделялась теперь на 50 губерний. Каждая губерния должна была насчитывать от 300 до 400 тыс жителей, уезд –30–40 тыс. жителей. В результате территории губерний оказались различными, а численность населения в каждой примерно одинаковой.
Во главе каждой губернии стоял губернатор, а в случае объединения двух-трех губерний – генерал-губернатор или наместник. Губернаторы располагали четко определенным штатом чиновников – губернским правлением, решавшим все административно-полицейские вопросы. В городах вместо прежних воевод появились городничие, назначавшиеся, как правило, из отставных офицеров-дворян. Уездом управлял капитан-исправник, избиравшийся из числа местных дворян самими дворянами. У капитана-исправника был свой аппарат, занимавшийся администрацией, полицией и местным (земским) судом.
Сбором налогов, строительством и прочими финансово-экономическими делами в каждой губернии занималась так называемая Казенная палата, глава которой считался третьим лицом после губернатора и вице-губернатора. Был учрежден и так называемый Приказ общественного призрения, надзиравший за школами, больницами, богадельнями и сиротскими домами. Правительство отпустило по 15 тыс. рублей на устройство этих учреждений тем губерниям, которые их не имели.