Климат Восточной Сибири (именно здесь находится озеро Байкал) резко - континентальный, значит амплитуда температур высокая (лето жаркое, зима холодная).
За лето вода в озере достаточно нагревается, и во время зимы оно долго сохраняет это тепло и поэтому поздно замерзает. Вот так вот)