1. У многих из нас помимо книжных шкафов есть еще заветная полка. 2. За исключением нескольких человек, никто не понимал, что происходит. 3. Ничего не было видно, кроме кольца обступающих деревень, и ничего не было слышно, кроме журчания ручья. 4. Вместо потерянной книги пришлось принести в библиотеку другую. 5. Разница была в том, что, вместо сидения за указкой и пошлых толков учителей они производили набег на пяти тысячах коней; что, вместо луга, на котором производилась игра в мячик, у них были неохраняемые границы. 6. Циолковский утверждал, что, наряду с идеей космического полета, осуществится мечта о жизни человека на других планетах.
Предложение 4
Так происходит, потому что "что" - союз подчинительной связи, перед которым всегда ставится запятая, и при этом при наличии предлога "вместо" ставятся запятые. В итоге получается, что союз "что" обособляется с двух сторон.