Ввиду создавшегося чрезвычайного положения было признано необходимым: 1. Создать Государственный Комитет Обороны.
2. Сосредоточить всю полноту власти в государстве в руках Государственного Комитета Обороны. Произошли изменения в руководстве Вооруженными Силами. Строительство Вооруженных Сил. В июле 1941 года образован орган стратегического руководства вооруженной борьбой - Ставка Верховного Главнокомандования. ГКО постановил: Ставку Главного Командования преобразовать в ставку Верховного Главнокомандования. Ставка Верховного Главнокомандования имела следующие функции: Координация действия фронтов, Контроль за исполнением директив верховного Главнокомандования, Подготовка и осуществления операций. При СНК СССР создан ряд новых органов:
1. Совет по эвакуации,
2. учреждения, ведавшие снабжением народного хозяйства:
* Главснабуголь,
* Главснабнефть.
Создан ряд новых народных комиссариатов по отраслям, производивших вооружение, боеприпасы, снаряжения.
В период Великой Отечественной войны произошли характерные изменения в структуре наркоматов. Наркомат являлся центральным отраслевым органом.
Произошли следующие изменения:
* были упразднены учетно-статистические подразделения;
* упразднены отделы и управления учебными заведениями;
* упразднено юридическое бюро. Произошли существенные изменения в органах разведки и контрразведки. В городах, расположенных в непосредственной близости от фронта, создавались чрезвычайные органы - городские комитеты или штабы обороны (1941 г.) .
В соответствии с постановлением Государственного комитета обороны от 17 июля 1941 года и 10 января органы военной контрразведки были выделены из наркома обороны. И преобразованы в особые отделы с подчинением их Наркомату Внутренних дел СССР.
Исходя из сложившейся обстановки и в целях более тесного объединения усилий органов государственной безопасности, указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 июня 1941 года НКВД и НКГБ объединены в единый наркомат внутренних дел.